Den ämnesindelade handskriftssamlingen

Den består av enskilda handskrifter som kommit till biblioteket sedan dess grundande 1620 och är ordnad efter ämne enligt följande klassifikation

A Matematik, mekanik, fysik, astronomi Katalog 
B Juridik Katalog 1-100Katalog 101-115Katalog 116-135Katalog 136-200Katalog 201-226Katalog 227-240, Katalog 241-500
C Medeltida handskrifter Katalog
D Naturalhistoria, medicin, kemi, teknologi, ekonomi Katalog - här bland annat manuskript av Linné
E Sveriges historia till 1697 Katalog
F Sveriges historia efter 1697 (utom F 410-F 531a) Katalog, särskild katalog över Gustavianska samlingen (F 410-F 531a)
G Brevväxlingar Katalog (se även Brevsamlingar)
Gr Grekiska handskrifter
H Allmän och utländsk historia med mera Katalog - här även utländsk biografi
K Svensk kyrkohistoria och kyrkorätt Katalog
L Svensk statskunskap, nationalekonomi, bergshantering, handel och samfärdsel, mynt, mått och vikt, civilförvaltning, försvarsväsen, med mera Katalog
O Orientaliska handskrifter
P Filosofi Katalog
Q Efterlämnade papper Katalog (se även Arkiv)
R Språkvetenskap - här bland annat P. A. Säves Gotländska samlingar Katalog
S Sveriges och Finlands geografi och topografi Katalog
Slav Slaviska handskrifter
T Teologi Katalog 
U Svensk undervisningshistoria, litteraturhistoria och bibliografi - här bland annat studentnationers och akademiska föreningars arkiv Katalog 1-499Katalog 500-1299Katalog 1300-3650
V Vitterhet - bland annat enstaka litterära manuskript Katalog (se även Enskilda arkiv)
X Svensk genealogi och biografi - här bland annat släktarkiv som Almquist, Bielke, Cederström, Drake af Hagelsrum, Henschen, Nauckhoff, Oxenstierna af Eka och Lindö, Posse, Rosenhane, Spens, Tersmeden-Eketrä samt Gahm Perssons biografiska samlingar. Katalog  Här även Sven Bloms dagböcker från Västfronten 1914 och svenskars resor utomlands, bl.a. handlingar från Ostindiska kompaniet
Y-Z Autografer, svenska och utländska - egenhändiga handskrifter, stamböcker, almanacksanteckningar, numismatik, konsthistoria, musikhistoria Katalog (se även Autografsamlingar)